Kerjasama KKI Sebagai lembaga social dan kemanusiaan KKI yang berfungsi menjadi media bagi masyarakat untuk menyalurkan bantuan mereka kepada orang-orang yang memerlukan uluran bantuan terutama korban bencana Alam, maka KKI menjalin kerjasama dengan berbagai pihak.
Diantara lembaga-lembaga yang telah terjalin kerjasama dengan KKI antara lain:
Keluarga Muslim Indonesia di Korea.
Keluarga Muslim Indonesia di Taiwan. FORMMIT | KMIT
Keluarga Muslim Indonesia di Jepang. KMMIJ
Keluarga Muslim Indonesia di Australia
Keluarga Muslim Indonesia di New Zealand
Keluarga Masyarakat Indonesia di Qotar
Keluarga Muslim Indonesia di Jerman. FORKOM
Keluarga Muslim Indonesia di Amerika Serikat
Keluarga Muslim Indonesia di Canada
Keluarga Muslim Indonesia di Inggris.
Sedangkan lembaga-lembaga sosial masyarakat yang bukan Indonesia, Komite Kemanusiaan Indonesia menjalin kerjasama dengan Sharjah Charity International (SCI) dan Al Maktum.
